1288 - Erstmals erwähnt als Marktflecken Niederaltenbern. Der Chorraum der Kirche wurde im 12./13. Jhr. erbaut
1408 wurde Unteraltenbernheim zur Pfarrei erhoben von Fürstbischof Johann von Egloffstein aus Würzburg. Die Pfarrei Unteraltenbernheim umfasste auch die Weiler Limbach, Hechelbach, Wimmelbach, den Schafhof, Oberaltenbernheim und den seit langen aufgelassenen Weiler Horbach (zwischen Wimmelbach und Buch gelegen). Zwanzig Jahre später ist mit Conrad Plum der erste Pfarrer nachweisbar.
1450 werden St. Peter und Paul mit Madonna auf dem Nebenaltar aufgestellt.
1479 wird das Ölberggehäuse mit Relief (außen) errichtet und 1480 die Kreuzigungsgruppe aufgestellt.
Turm und Langhaus werden im 15. Jhr. gebaut. Am Turm sind Umrisse von einem Gebeinhaus sichtbar. Aus wirtschaftlichen Gründen und auf Vorschlag der Herren von Seckendorff gliederte man 1641 Peter und Paul als Filiale der Pfarrei Sondernohe an.
Nach mehreren Neu- und Umbauplanungen wurde 1786/1789 doch nur renoviert. Der Hochaltar mit Peter und Paul und der Hl. Dreifaltigkeit entsteht 1788. Das Bild der Patrone Peter und Paul auf der rechten Seite datiert spätes 18. Jhr. 1831 stiftete Gerg Seifert eine Kapelle am Weg nach Hechelbach.
Das Altarblatt Maria Verkündigung stammt von 1877.
Die Steinmayerorgel aus Öttingen erklingt 1900 zum ersten Mal und kurz danach, 1901, wird der Kreuzweg fertig.
Renovierungen gab es 1930 und 1960. Auch den Seitenaltar errichtete man erst 1954. 1969 kam ein Sakristeibau zustande, den man 2010 energetisch sanierte.
Am 19. Juni 1993 war die Einweihung vom Volksaltar.
2009 wurde der Bau der Mariengrotte mit Steinen vom alten Fußboden der Kirche fertiggestellt.